良渚古城遗址是整个良渚文化的核心，是良渚文明的都城，它与良渚玉器等一同构成良渚文明最具代表性的物质遗存。良渚古城遗址位于浙江余杭地区，处于一处面积达1000平方公里的C形盆地北部。古城南北分别峙立着大遮山和大雄山两座天目山余脉，西部散布着一系列低矮山丘，这三处山体均距古城约2公里，向东则是敞开的平原，总体有一种以山为郭之感。发源于天目山脉的东苕溪，自西南向东北蜿蜒流过，最终向北注入太湖。可见，古城所在的区域有着广阔的腹地、优越的自然环境，由此带来丰富的资源和便利的交通条件。

自2007年良渚古城发现和确认之后，经过七八年不间断的考古发掘、调查和勘探，我们对良渚古城的结构布局和格局演变有了一个基本的认识。良渚古城的核心区可分三重，最中心为面积约30万平方米的莫角山宫殿区，其外分别为面积约300万平方米的城墙和面积约800万平方米的外郭所环绕，堆筑高度也由内而外逐次降低，显示出明显的等级差异。同时古城北部和西北部还分布着规模宏大的水利系统和与天文观象测年有关的瑶山、汇观山祭坛，在古城外围也存在着广阔的郊区， 良渚古城核心区、水利系统、外围郊区总的占地面积达到100平方公里，规模极为宏大。整个城市系统的布局与山形水势充分契合，显示良渚先民在规划古城之时视野之广阔。

良渚人创造的规模庞大的城市系统在中国城市建设史上具有划时代的意义。莫角山宫殿区堪称中国最早的宫城，宫殿区的面积要远远超过年代更晚的龙山时代的石峁、陶寺和夏代的二里头宫殿区或宫城。其宫殿区、内城、外郭的格局类似后世都城中宫城、皇城、外郭的三重结构体系，这是中国最早的三重城市格局，具有重要的开创意义。以8平方公里的外郭计算，其占地规模一直领先了1500年，要到距今3500年前后的郑州商城才被超越。

现今我们已对良渚古城各构成遗址的年代情况有了初步的认识。城内西北部的反山贵族墓地、城外东北部和西北部的瑶山与汇观山的祭坛及贵族墓地，始建和主要使用年代在公元前3000年前后。城外西北部发现的11条水坝中，岗公岭、鲤鱼山、狮子山、老虎岭、周家畈、秋坞等6个水坝，经北京大学年代学实验室14C测定，其年代大多落在良渚文化早期，约为公元前3100 年—公元前2700年。

良渚古城四面城墙的解剖发掘及城内宫殿区莫角山遗址的发掘中，在四面城墙内外的城河内及莫角山遗址的边坡，均发现大量良渚晚期的生活垃圾，说明古城城墙附近及莫角山遗址在良渚晚期是重要的居住地。良渚古城城墙及莫角山土台的建筑年代上限还未找到直接的证据，但根据目前揭示出的良渚古城空间布局设计的统一性考虑，我们认为古城墙以及莫角山宫殿的始建年代应与反山、瑶山墓地以及城外水利系统的年代相一致， 即距今5000年左右。

外郭范围内的文家山、卞家山、美人地、里山、扁担山等地点均做过考古发掘，显示外郭部分是在良渚晚期逐渐兴建并完善的。